Han mistet umiddelbart alle fullmakter og ble erstattet av statsminister Han Duck-soo, som skal fungere som president inntil videre.
Lørdag lovet Yoons stedfortreder å sørge for stabil styring i tiden som kommer, men han kjenner også at ansvaret tynger.
– Dette kjennes svært tungt, sier han.
Selve riksrettssaken skal avgjøres av landets grunnlovsdomstol innen seks måneder.
Den sørkoreanske opposisjonen kaller resultatet for en seier for folket.
Ifølge opptellingen stemte 204 av 300 representanter ja til forslaget, mens 85 stemte imot. Det betyr at flere av regjeringspartiets representanter stemte for og sikret opposisjonens forslag to tredjedels flertall.
Da resultatet var klart, brøt det ut jubel i salen, mens flere av regjeringspartiets representanter forlot salen i stillhet.
Også utenfor nasjonalforsamlingen jublet folkemassen som hadde samlet seg for å protestere mot presidenten.
Hvis Yoon taper riksrettssaken, blir det utlyst nyvalg. I alt ni dommere skal ta stilling til saken, og det trengs seks stemmer for å avsette Yoon.
Bakgrunnen for riksrettssaken er en svært omstridt unntakstilstand som Yoon innførte tirsdag 3. desember og som sjokkerte Sør-Korea. Også hans egne partifeller tok avstand fra unntakstilstanden, og etter få timer ble han presset til å oppheve den.
Yoon begrunnet unntakstilstanden med landets sikkerhet og anklaget også opposisjonen for å gå Nord-Koreas ærend.
Før dette hadde han mislyktes med å få vedtatt sitt forslag til statsbudsjett i den opposisjonskontrollerte nasjonalforsamlingen.
Sørkoreansk politikk har de siste årene blitt stadig mer polarisert, med en stadig hardere front mellom høyre- og venstrefløyen. De er sterkt uenige både når det gjelder den økonomiske politikken og hvordan landet bør håndtere forholdet til Nord-Korea.
Yoon tilhører det konservative Folkemaktpartiet. Han har bedt det sørkoreanske folket om unnskyldning, men han har også forsvart unntakstilstanden og fortsatt å legge skylden opposisjonen.
Presidenten i nasjonalforsamlingen ba lørdag regjeringen og nasjonalforsamlingen om å samarbeide for å stabilisere Sør-Koreas økonomi.
Samtidig sier Sør-Koreas finansminister at han vil innkalle til et møte søndag.
Et tilsvarende forslag ble nedstemt for en uke siden ettersom regjeringspartiet da boikottet avstemningen. Denne gangen besluttet regjeringspartiet å delta, og selv om partiet offisielt var imot riksrett, ble representantene fristilt, slik at de kunne stemme etter sin overbevisning.
Tusenvis av sørkoreanere samlet seg utenfor nasjonalforsamlingen i forbindelse med avstemningen.
Kjøp «Et konservativt manifest» av Jordan Peterson her!
Årets julegave – «Veien fra ateismen til det totalitære» av Olavus Norvegicus.
