Avtalen er bekreftet av det amerikanske forsvarsdepartementet, men de opplyser ikke hva avtalen innebærer. Ifølge New York Times unngår de tre mennene dødsstraff i bytte mot tilståelse. I stedet skal de få de livstidsdom.
Alle tre har sittet i amerikansk varetekt siden 2003. De ventes å erklære seg skyldig i et rettsmøte så tidlig som neste uke på Guantanamo, hvor de sitter i varetekt.
De to andre mennene som har inngått avtalen, er Walid bin Attash og Mustafa al-Hawsawi, ifølge NYT.
Nesten 3.000 mennesker ble drept i al-Qaidas koordinerte terrorangrep mot USA den skjebnesvangre septemberdagen i 2001.
Sakene deres har vært etterforsket i lang tid, og Mohammed ble utsatt for vanntortur, såkalt waterboarding, hele 183 ganger i avhør, ifølge dokumenter som ble offentliggjort av Barack Obama. Mohammed kom med en rekke tilståelser i avhørene.
Disse tilståelsene regnes for å ha liten juridisk verdi, ettersom den amerikanske etterretningstjenesten CIA har innrømmet at de ble avgitt under brutale avhørsmetoder.
Avtalen mellom de tre tiltalte og USA har blitt kunngjort overfor terrorofrenes familier i et brev, ifølge NYT.
Opprinnelig var det planlagt en rettssak som skulle vare 12 til 18 måneder. Nå blir det trolig langt mindre omfattende rettssaker.
Det var Mohammed som skal ha fått ideen om å kapre fly og krasje dem inn i bygninger. Ifølge påtalemyndigheten presenterte han ideen til Osama bin Laden i 1996, og siden skal han ha hjulpet til med planlegging.
Mohammed er utdannet ingeniør fra et universitet i North Carolina i 1986 og ble kjent med bin Laden i årene som fulgte. Opprinnelig kommer han fra Kuwait.
Han ble pågrepet i Pakistan mars 2003 sammen med al-Hawsawi. I 2006 ble han overført til fangeleiren på Guantanamo.
Angrepene 11. september førte til at USA og Nato-allierte gikk til krig mot Taliban i Afghanistan, der al-Quida hadde tilholdssted.