Den historiske synagogen ligger på øya Djerba og er et jødisk pilegrimsmål. Den er også Afrikas eldste, og hundrevis av jøder fra Europa og Israel pleier å reise dit årlig.
Pilegrimsferden tok slutt tirsdag kveld.
Det tunisiske innenriksdepartementet opplyser at gjerningsmannen var tilknyttet nasjonalgardens maritime senter på Djerba. Han skal først ha drept en kollega med tjenestevåpenet, før han hentet ammunisjon og forsøkte å ta seg til Ghriba-synagogen.
Da han kom fram, åpnet han ild mot sikkerhetsvakter som var utplassert der. Det var to sikkerhetsvakter blant de drepte.
De sivile ofrene er en 42 år gammel franskmann og en 30 år gammel tunisier, opplyser departementet, som ikke navngir de to. Den franske ambassaden i Tunisia har etablert kriseteam og nødlinje etter angrepet. De sårede er fem vakter og fire sivile.
Både USA og Frankrike fordømmer angrepet.
– Frankrikes regjering fordømmer denne avskyelige handlingen på det sterkeste, sier talsperson Anne-Claire Legendre i det franske utenriksdepartementet.
Lokale medier skriver at skytingen utløste panikk blant pilegrimene. Synagogen ble stengt, og folk som var innendørs, ble sikret mens myndighetene jobber med å kartlegge motivet bak ugjerningen.
– Det pågår etterforskning for å få belyst motivene for dette feige angrepet, sier innenriksdepartementet i en uttalelse gjengitt av AFP.
Le Figaro skriver at det ble hørt skudd fra rundt synagogen. I videoer som er delt i sosiale medier, kan man se panikkslagne mennesker løpe mens det høres skudd.
Djerba ligger utenfor kysten sørøst i Tunisia, drøyt 30 mil fra hovedstaden Tunis. Tunisia er i stor grad muslimsk, men landet huser også ett av Nord-Afrikas største jødiske samfunn. De fleste av landets rundt 1500 jøder bor på Djerba.
Den årlige pilegrimsferden holdes mellom de jødiske høytidene pesach og sjabuót og står sentralt i Tunisias jødiske tradisjon.
Sikkerheten ble styrket rundt pilegrimsferden etter at al-Qaida-krigere angrep den med en bilbombe i 2002. 21 personer ble drept, blant dem tyske og franske turister, samt tunisiere.
Ifølge arrangøren deltok mer enn 5.000 jøder i år, de fleste av dem utenlandske. Feiringen ble gjenopptatt i 2022 etter to år med stans under pandemien.