Rakettene ble besvart med artilleri, opplyser tjenestepersoner i det israelske forsvaret (IDF).
En annen tjenesteperson sier til Reuters at de antar at det er palestinske grupperinger i Libanon som står bak rakettangrepene, ikke libanesiske Hizbollah.
IDF-talsperson Daniel Hagari antyder i en uttalelse at Hamas står bak.
– Vi undersøker det, men én ting er klart: Staten Libanon er ansvarlig når det blir avfyrt raketter derfra, og vi undersøker også iransk involvering, sier han ifølge Haaretz.
Ifølge IDF ble det avfyrt 34 raketter fra Libanon. 25 av disse ble skutt ned, mens minst fem traff israelsk territorium.
Rakettalarmen gikk først i byene Shlomi og Betzet torsdag ettermiddag. Nyhetsbyrået AP skriver at befolkningen i området, som feiret den jødiske påsken, måtte søke ly i bomberom.
Minst en person skal ifølge AP ha blitt såret i angrepene, som setter ytterligere fyr i den økende spenningen som har preget forholdet mellom israelere og palestinere den siste tiden.
Libanesiske sikkerhetskilder sier det kom to separate rakettangrep fra Libanon. Artilleri skal også ha blitt avfyrt mot det sørlige Libanon. Det er ikke meldt om at noen har kommet til skade.
IDFs Hagari hevder overfor Haaretz at det israelske forsvaret ikke har angrepet mål i Libanon.
Det har vært gjentatte rakettvarsler nær Gazastripen og Vestbredden de siste ukene på grunn av uroen mellom Israel og Palestina.
Uroen nådde en ny topp denne uka, da israelsk politi to kvelder på rad stormet al-Aqsa-moskeen i Jerusalem.
Onsdag ble det brukt sjokkgranater og gummikuler for å få palestinere ut av moskeen, mens palestinske ungdommer som var samlet foran moskeen, skal ha svart med steinkasting.
Seks personer ble skadd i de siste sammenstøtene, ifølge palestinsk Røde Halvmåne.
Onsdag kveld ble det også fyrt av raketter mot Israel fra Gazastripen, og Israel gjennomførte luftangrep mot det de sier er våpenfabrikker til islamistgruppen Hamas, skriver Reuters.
Tirsdag kveld ble minst 50 personer skadd da israelsk politi tok seg inn i moskeen, angivelig for å hente ut ungdommer som hadde barrikadert seg der med fyrverkeri, kjepper og stein.š
Oppblussingen møtes med internasjonale reaksjoner. Talsperson Vedant Patel i det amerikanske utenriksdepartementet sier at USA er bekymret over voldsbruken.
– Vi er bekymret av hendelsene i Jerusalem, og vårt standpunkt er at det er helt essensielt at ukrenkeligheten til hellige steder blir bevart, sier Pedant.
Videre sier han at USA fordømmer rakettangrepene fra Libanon og Gaza, og at USA «anerkjenner Israels legitime rett til å forsvare seg mot alle former for aggresjon».
Også Frankrike og FN har fordømt angrepene. FN ber videre alle parter om å opptre behersket.
– FNs midlertidige styrke i Libanon er stadig i kontakt med myndighetene på begge sider av den blå linjen. Vi oppfordrer partene til å opprettholde kontakt med våre fredsbevarende styrker og til å unngå ensidige handlinger som kan eskalere situasjonen ytterligere, sier FN-talsmann Stephane Dujarric.
Mens jødene feirer påske, markerer palestinerne denne måneden den muslimske fastemåneden ramadan.
Ifølge AP har mange palestinere ønsket å tilbringe natten i al-Aqsa-moskeen for å be. Men dette har israelske myndigheter bare tillatt de siste ti dagene av ramadan.
Muslimske ledere i Midtøsten har kritisert Israel for aksjonene rundt al-Aqsa. Blant dem er blant dem Tyrkias president Recep Tayyip Erdogan, som nylig ble forsonet med Israel og gjenopprettet fulle diplomatiske forbindelser.
