Kalora var en av to militante som ble drept i et raid i den avsidesliggende jungelen i Parigo Moutong-distriktet lørdag kveld, opplyser general Farid Makruf.
De to mennene ble skutt og drept da politi og militære styrker gikk til aksjon.
– Ali Kalora var den mest ettersøkte terroristen og lederen for MIT, sier Makrif, med henvisning til den østindonesiske ekstremistgruppa som er knyttet til IS.
Gruppa har tatt på seg ansvaret for drapet på blant annet flere politibetjenter og kristne i Indonesia.