Det betyr at flyene også vil få forbud mot å lande på flyplasser i EU-land.
Uttalelsen ble vedtatt mandag kveld og skyldes at et Ryanair-fly ble tvunget til å lande i Minsk, hvorpå en hviterussiske regimekritiker og hans kjæreste ble pågrepet.
I uttalelsen ber EU-lederne også om at den 26 år gamle regimekritikeren Roman Protasevitsj og kjæresten Sofia Sapega (23) blir løslatt umiddelbart.
De maner FNs organisasjon for sivil luftfart (ICAO) om å raskt etterforske «denne spesielle og uakseptable hendelsen».
De har også bestemt seg for å innføre sanksjoner mot tjenestemenn som var involvert i operasjonen.
Vedtakene vil bli iverksatt så fort de juridiske formalitetene er på plass.
Ryanair-flyet med Protasevitsj var på vei fra Hellas til Litauen med 126 passasjerer om bord. Kun 121 ble med videre til Vilnius etter det ufrivillige oppholdet i Minsk.
EU-ledere har kalt den tvungne omdirigeringen og landingen for en «kapring».
Protasevitsj bor i eksil i Litauen og har drevet en nyhetskanal med skarp kritikk av Hviterusslands autoritære leder Aleksandr Lukasjenko.